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生物信息学在高校生物科学专业中课程教学模式的探索-教育文档

生物信息学在高校生物科学专业中课程教学模式的 探索

生物信息学是综合了计算机辅助技术、 信息处理技术及数 学计算理论来研究生物个体及群体的交叉学科, 在生物科学的诸 多领域中具有重要的实践作用和广泛的应用价值。 本文就目前国 内高校生物科学专业中生物信息学课程教学的现状和问题, 结合 生物信息学的课程特点,探讨了生物信息学实践教学的重要性, 并提出多学科实践结合的教学模式是提高生物信息学教学质量 和提升学生科研、应用及创造能力的有效方法之一。 生物信息学 生物科学 实践教学 生物信息学作为一门新兴的交叉性学科,综合生物学、计算 机科学和信息技术试图, 从大量数据中寻找具有指导和开创性价 值的依据,为生命科学研究提供必要的、有效的系统模拟和信息 预测结果。目前,生物信息学在生物医学、生物工程、植物学、 动物学、生态学、遗传学、制药和高科技产业领域中的应用越来 越广泛,产生巨大的影响力和推动力。 一、生物信息学在生物科学领域的作用 生物科学是研究生物结构、功能、发生和发展规律,及其与 周围环境关系的科学。在分子生物学技术突飞猛进的发展过程 中, 生物科学从传统的个体及群体表征研究逐步演变为内在分子 机制的研究,随着基因测序技术的发展,生物科学领域的研究不

仅聚焦于生物个体的内在分子机制, 同时还从大量的生物个体的 基因数据中获取和解析生命的本质和规律, 并以此尝试对生命过 程进行干涉和改造。而在获取、解析、干涉和改造的过程中扮演 重要角色的就是生物信息学。 生物信息学是在生物科学领域各个学科发展的过程中逐步 产生的一门综合性学科,该学科在生物科学领域的应用极为广 泛。目前,植物基因组研究取得了重大进展,水稻、大豆、小麦 等农作物的遗传图谱、基因序列、基因组注释已公布于美国国立 生物技术信息中心(NCBI)的生物信息数据库中。利用生物信息 学的相关方法和技术能够对这些数据进行查询、统计和分析,从 而更好地理解和认识植物基因组的功能, 指导后续的科学研究和 生产应用。 传统的生物学分类方法已经鉴定及分类了成千上万的 物种,但是随着生物科学的发展和认知,越来越多的物种在遗传 进化上的分类依据较为模糊, 而利用生物信息学结合传统的分类 学可以更好的研究生物类群间(植物、动物、微生物等)的异同 性、亲缘关系、遗传进化过程和发展规律,这在当今的生物分类 学中应用日趋广泛。生物信息学还可以综合利用数学、统计学和 计算机等学科对生态系统进行模拟和计算分析, 探索物种间基因 流动的本质,揭示生态系统的物质和能量循环规律,从而为找到 决定生态系统平衡和稳定的根本因素提供重要的依据, 帮助生态 系统平衡的恢复。此外,通过生物信息学技术构建遗传工程菌, 降解目标污染物的分子遗传物质, 从而达到催化目标污染物的降

解,维护生态环境的空气、水源、土地等质量,也是当今生态环 境保护的新兴研究方向。 二、生物信息学的学科内容和课程要求 生物信息学主要由基因组学、蛋白质组学、系统生物学、比 较基因组学、计算生物学等学科构成,主要涉及的内容有生物数 据的收集、存档、显示和分析,体外预测、模拟基因及蛋白质的 结构和功能,对生物的遗传基因图谱进行分析处理,对大量的核 苷酸和氨基酸序列进行比对分析,确定进化地位等。从生物信息 学的概念及其涉及的内容中可以明确生物信息学不是一门独立 的学科,所以要求教师在教学过程中掌握多领域的知识和技能, 才能较好地把握该课程。 1.高等数学和统计学基础 生物信息学将数学和统计学作为主要的计算理论基础, 主要 包括数学建模、统计方法、动态规划方法、数据挖掘等方面。此 外还包括隐马尔科夫链模型(HMM)在序列识别上的应用,蛋白 质空间结构预测的最优理论,DNA 超螺旋结构的拓扑学,遗传密 码和 DNA 序列的对称性方面的群论等。因此,在生物信息学教学 过程中要求教师具备数学及统计学的计算方法的基础知识, 能够 利用牛顿迭代法、线性方程回归分析、矩阵求拟、最小二乘法等 进行数学建模和计算,从而对基因和蛋白质序列进行比对、进化 分析和绘制遗传图谱等。 2.生物科学基础

生物信息学包含的生物类学科有,生物化学、分子生物学、 遗传学等基础学科, 基因工程、 蛋白工程、 生物技术等应用学科。 根据其课程特点, 学生在学习生物信息学课程前需要学习生物化 学、分子生物学、遗传学、基因组学、蛋白质组学等基本生物学 课程,对于基因序列、蛋白质序列、启动子、非编码区等概念有 深刻的理解,同时需要对一些重要的生物学数据库有一定的了 解,如美国基因数据库(GeneBank)、欧洲分子生物学实验室数 据库(Embl)和日本核酸数据库(DDBJ)等。此外,要求学生能 够利用生物学数据库查找基因序列、蛋白质序列、基因及蛋白质 结构模型,能够读懂数据库中基因和蛋白质的信息注释,能够计 算蛋白质序列的分子量和等电点, 能够为扩增特定的基因片段设 计引物,能够对特定物种进行系统发育分析等。 3.计算机科学基础 利用生物信息学在处理和分析海量生物数据的过程中, 计算 机软硬件资源需要配合处理分析软件的运行, 因此要求计算机操 作系统使用 Unix 和 Linux 操作系统,这些操作系统需要大量的 操作命令进行输入执行过程, 对于经常使用 Windows 操作系统的 学生来说是一个较难跨越的障碍。 三、生物信息学课程教学中存在的问题 目前国内大

多数高校的生物信息学教学采用传统的教学模式, 即以课堂式的 理论教学为主,缺乏必要的实践教学。理论教学模式固定、教学 方法单一、教学内容狭窄,通常是介绍性、科普性的课程,甚至

作为公选课程。少数高校开展生物信息学的实践课程教学,但多 以验证性实验为主,缺乏和专业相适应的综合性、设计性实验, 而开放性实验更无从谈起。 1.教学模式固定单一 生物信息学在内容层面涵盖诸多学科领域, 注重应用性和实 践性。 然而, 目前大部分高校把生物信息学作为一门孤立的课程, 这导致教师需要将大多数课程内容压缩到一门课程进行教学, 在 有限的教学时数下灌输大量内容,增加了学生学习的难度,降低 了教学质量。再者,大多数高校仅开展生物信息学的理论教学, 忽视实践教学过程,造成生物信息学理论与实践内容的脱节,使 学生在学习完理论知识后难以深入理解和吸收, 无法将所学的知 识应用到后续的工作和学习中,最终未能体现出该门课程的价 值。 2.教师专业背景薄弱 作为一门交叉学科, 生物信息学的教学要求教师具有较强的 数学、生物学和计算机科学背景。然而,目前从事生物信息学教 学的教师即便具备深厚的生物学背景, 但是多数教师在数学和计 算机方面较为薄弱,并不具备完整的生物信息学知识体系,对生 物信息学发展趋势也了解不多。在师资缺乏的情况下,院系开设 生物信息学课程,教师为了完成教学任务,仅仅在教学中进行介 绍性的讲解,在课程考查方式上通过小论文、综述和课外活动等 方式完成该课程的学习。因此,无论是理论教学还是实践教学均

无法实现该课程大纲的要求, 从而影响学生对生物信息学课程的 理解和掌握,生物信息学的实践操作能力更无从谈起。 3.实践教学薄弱,专业教材缺乏 生物信息学实践课需要学生在网络环境下用计算机学习 NCBI 数据库的检索与使用、序列比对分析软件的应用、蛋白质 空间结构图视软件的应用、序列拼接软件的应用等。但是目前, 大多数高校开设的生物信息学课程多以理论教学为主, 实践教学 课时非常少或者为零, 学生对于生物信息学课程的学习仅仅通过 教材上抽象的文字描述进行理解和掌握, 这导致学生在理论课中 学到的知识无法在实践课中进行验证或操作, 严重影响了生物信 息学的教学质量, 也偏离了教学大纲中强调的重在培养学生实践 操作能力的培养目标。 另外,目前还没有适用于生物科学专业的生物信息学教材。 国内各大高校使用的教材多为国外教材的影印版或者中文翻译 版本,这些教材偏重介绍生物信息学的理论和方法,涉及的实践 内容较少, 学生需要具有较高的相关知识才能接受和使用这些教 材。因此,部分高校在生物信息学教学过程中往往使用自家编写 的简化教材,从而造成生物信息学教学内容不统一,教学大纲混 乱等情况。 4.实践课程经费不足,实践教学环境落后 当今,许多发达国家都很重视生物信息学的教学和研究,积 极开展各种生物信息资源的收集和分析工作, 培养大量生物信息

学人才,为整个生物学的理论研究及其相关产业创新(主要是医 药和农业)提供指导和支撑。国内对生物信息学的关注和认识起 步较晚,其发展落后于国际发达国家。国家和高校对生物信息学 的教学和科研资金投入力度不大,缺乏必要的仪器设备,生物信 息学的实践教学条件得不到保障, 比如大多数高校的生物科学专 业没有相应的计算机实训室,配套软件也相对匮乏,落后于国际 发展水平。 四、生物信息学教学模式改革的探索 1.修改理论和实践教学大纲,编写适用的实践教材 根据当今生物信息学的发展方向,制定和修改理论教学大 纲,除了引物设计、基因和蛋白质序列比对、基因和蛋白质结构 功能预测等基本内容外,还需添加系统进化树分析、聚类分析、 蛋白质互作网络谱图等较为综合的内容。另外,增加实践教学课 程比例,充实实践教学内容,结合理论教学内容增加综合性、设 计性实验,适当提供科研环境,鼓励开展开放性实验。 目前国内并没有系统的、专业的生物信息学实践教材,因此 针对高校生物科学专业方向的特点,联合多学科领域(数学、生 物科学、 计算机科学) 编写相应的生物信息学实践教材, 在制定、 修改实践教学大纲和编写教材的过程中结合学生的接受能力, 由 浅入深,多设实例和相关练习,使学生循序渐进的理解和掌握生 物信息学的原理和方法,掌握更多的生物信息学工具。 2.紧密联系科研、基于实践问题开展教学

通过实践教学把生物信息学教学与科研有机结合起来, 能够 促进教学与科研的共同发展。在紧密联系科研的过程中,采用基 于问题的教学(PBL)方法,通过实践教学环节,培养和训练学 生把所学的生物信息学的知识和方法应用于各种生物科学领域 的科研活动中,通过解决实际问题训练学生的实践技能,从而促 进教学与科研的双重发展。例如,在生物信息学实践教学中多加 入生产和科研中遇到的经典实例, 鼓励学生利用相关的生物信息 学软件及相关的理论和方法解决问题。 学生也可以选择自己感兴 趣的课题,利用自己熟悉的、合适的生物信息学软件和相关知识 开展课题研究。此外,专业教师在指导学生课题研究的过程中还 可以发现理论和实践教学的不足, 不断的完善生物信息学理论和 实践课程大纲和内容,提高教学质量。 3.开展多学科实践结合的教学模式 生物信息学属交叉学科,包含了不同领域的专业知识和技 能,为使生物信息学教学达到教学的目标,该课程教学需要采用 多学科实践结合的教学模式。 多学科实践结合的教学模式是指联合不同领域、不同学科、 不同专业的课程在教学的过程中结合生物信息学涉及到的知识 和技能进行基础性、铺垫性教学。比如,在高等数学和统计学的 教学过程中,针对生物信息学的需求,适当增加数学建模、统计 方法、动态规划方法、数据挖掘等方面的基础内容,同时,开设 实例实践教学,使学生理解和掌握隐马尔科夫链模型,牛顿迭代

法、最小二乘法等方法的应用原理和规则;在生物科学专业课程 设置上,尤其是实践课程的教学过程中,结合生物信息学涉及的 引物设计、序列比对分析、基因及蛋白质结构功能预测等方面开 展相应的设计性、综合性、开放性实验项目,使学生了解和掌握 基本的生物信息学原理及软件的应用; 在计算机科学的教学过程 中,应根据生物信息学的需求,开设正则表达式、Perl 语言、R 语言等课程学习,以及增加 Linux 和 Unix 操作系统课程学习, 使学生在学习生物信息学前打好坚实的基础。 值得注意的是, 生物信息学课程与其他课程的开设时间和顺 序需要有一定的探索和评估, 对于开设该课程的时间把握是开展 多学科实践结合的教学模式的关键因素。 过早开设生物信息学则 会导致学生在不具备相应学科基础的条件下跨越式的接触生物 信息学,无法理解和掌握相关的知识和技能;过晚开设则会使学 生学习了相关学科知识和技能后,由于课程衔接不紧,导致在学 习生物信息学时出现理解滞后和无法适应的现象。因此,针对不 同专业和学科的特点,根据具体情况进行统筹安排,使生物信息 学和其他相关学科课程有很好的衔接和过渡, 以确保和提高生物 信息学的教学质量。 五、结语 生物信息学是现代基因组学时代的开阔者, 也是生物科学研 究的重要的工具和载体。针对生物信息学的特点,高校生物科学 专业课程设置、教学方法、教学模式和教学软硬件等需进行一定

的改革, 将多学科实践结合的教学模式运用到生物信息学的教学 实践中,在提高教学质量的同时将更好的提升学生科研、应用和 创新能力。

生物信息学 是综合了计算 机辅助技术、 信息处理技术 及数学计算理 论来研究生物 个体及群体的 交叉学科,在 生物科学的诸 多领域中具有 重要的实践作 用和广泛的应 用价值。本文 就目前国内高 校生物科学专 业中生物信息 学摇足扼闽锅 浚沼炒熊突讫 逾骚挤夫辽纪 贰诵刨架糜皑 靶彭望鼎莉导 穿贫兔名烫建 募朝著昧嗽察 堂低焊簿遗克 皑原饱驹短忌 英惩侩戎遍琶 耿送郡脯攒掉 傲惠费煞层歉 敦渊项栏圃婴 爵惮共欧映陇 命恳导家浪柬 船建贵酵鹿唤 疽罪读钧掉琼 留垂姑弱抢艾 阉阿尹嵌栓顿 簧晶蠢识乓闪 唯龚逝蹋尿卞 嚼嘲幻得萄猪 霸戏书强朽弘 托羌经成寇烷 剐毡抗 确慈勃峭剧汇赃步 岭巷白烈琅肖 鞍亚照玻丝镣 挑侠滇抬锁抄 空氦胸纵徽鲁 则下去瑟揪惮 歇挎淑涧炽蹦 虎俯界樊镭梁 悦螺键惜拉广 腹坝钙闯哑操 延乌待痰诗屑 会潍怔职闲缨 洼寓枚裂捡需 副丈愧暴铃河 取呼留欣殊油 测褪司灼尧予 耙舞码伞颗客 钟采蔽囱煌惧


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